Τα κεντρικά γραφεία και τα κύρια κτίρια του Ι.ΜΕΤ. βρίσκονται στη Θεσσαλονίκη και συγκεκριμένα εντός των εγκαταστάσεων του Ε.Κ.Ε.Τ.Α. στο Τεχνολογικό Πάρκο Θεσσαλονίκης. Η κατασκευή των νέων γραφείων του Ι.ΜΕΤ. ολοκληρώθηκε το 2009 και αποτελείται από 3 ορόφους και 2 υπόγεια εργαστήρια και χώρο στάθμευσης, πλήρως εξοπλισμένα για να καλύψουν τις συνεχώς αυξανόμενες απαιτήσεις σε προσωπικό και υποδομές.
Το 2017 το Ε.Κ.Ε.Τ.Α./Ι.ΜΕΤ. αποφάσισε να ανοίξει παράρτημα στον Πειραιά με έμφαση στην Έρευνα των Θαλάσσιων Μεταφορών, που θα φιλοξενείται στο Εμπορικό και Βιομηχανικό Επιμελητήριο Πειραιά (Γεωργίου Κασιμάτη 1, Πλατεία Οδησσού, 18531 ΠΕΙΡΑΙΑΣ) υπό την αιγίδα του Υπουργείου Περιβάλλοντος και Ενέργειας σε στενή συνεργασία με το Πανεπιστήμιο Πειραιά και το Ανώτατο Εκπαιδευτικό Ίδρυμα Πειραιά (Τ.Ε.Ι. ΠΕΙΡΑΙΑ).
Το 2022, το ΙΜΕΤ εγκαινίασε ένα νέο παράρτημα στην Πτολεμαΐδα, που φιλοξενείται στις εγκαταστάσεις του ΙΔΕΠ. Στόχος του ΙΜΕΤ στο συγκεκριμένο παράρτημα είναι η ανάπτυξη του Κέντρου Αριστείας του για Πράσινες Μεταφορές (Επιβατικές και Εμπορευματικές) και Ηλεκτροκίνηση, με απώτερο σκοπό την ενίσχυση της Πράσινης Μετάβασης αλλά και της Ευφυούς Εξειδίκευσης της Περιφέρειας Δυτικής Μακεδονίας στις θεματικές αυτές περιοχές, όπου η απολιγνιτοποίηση θέτει νέες προκλήσεις και νέες δυνατότητες ανάπτυξης της τεχνογνωσίας, της απασχόλησης, αλλά και της επιχειρηματικότητας.
Ινστιτούτο Μεταφορών Κεντρικά Γραφεία
6o χλμ. Χαριλάου - Θέρμης
60361
57001, Θέρμη
Θεσσαλονίκη
Παράρτημα Αμαρουσίου
Αιγιαλείας 52
15125
Μαρούσι
Παράρτημα Ηλιούπολης
Εθνάρχου Μακαρίου 34
16341
Ηλιούπολη
Παράρτημα Πειραιά
Λουδοβίκου 1, Πλ. Οδησσού
18531
Πειραιάς
Παράρτημα Ρόδου
Πλατεία Μεγάλου Αλεξάνδρου 7
85100
Ρόδος
Παράρτημα Πτολεμαΐδας
4ο χλμ Πτολεμαΐδας-Μποδοσάκειου
50200
Πτολεμαΐδα