Ο Δρ. Ευάγγελος Μητσάκης εργάζεται ως Ερευνητής Α βαθμίδας στο Ινστιτούτο Βιώσιμης Κινητικότητας και Δικτύων Μεταφορών του Εθνικού Κέντρου Έρευνας και Τεχνολογικής Ανάπτυξης. Είναι Επικεφαλής του Εργαστηρίου «Β3 - Διαχείριση υποδομών και κυκλοφορίας στις χερσαίες μεταφορές» και αναπληρωτής Τομεάρχης του «Τομέα Β - Υποδομές και Δίκτυα, Βιώσιμη Κινητικότητα και Εμπορευματικές Μεταφορές». Είναι διπλωματούχος πολιτικός μηχανικός και κάτοχος διδακτορικού διπλώματος στη συγκοινωνιολόγια.
Τα ενδιαφέροντά του εστιάζονται σε δύο κύριους άξονες. Ο πρώτος αφορά στα Ευφυή Συστήματα Μεταφορών (ITS), τόσο σε θέματα διαχείρισης κυκλοφορίας όσο και ενημέρωσης των μετακινούμενων, ενώ τα τελευταία χρόνια ασχολείται συστηματικά με τα Συνεργατικά Ευφυή Συστήματα Μεταφορών (C-ITS) και τα Αυτόματα Συστήματα Κινητικότητας. Ο δεύτερος αφορά στην αξιολόγηση των επιπτώσεων της κλιματικής αλλαγής στα συστήματα μεταφορών.
Συμμετέχει σε μεγάλο αριθμό έργων έρευνας, ανάπτυξης και εφαρμογής της Ευρωπαϊκής Ένωσης στα θέματα αυτά, με πολλά αποτελέσματα αυτών να έχουν βρει πραγματική εφαρμογή σε πολλές πόλεις του εξωτερικού και της Ελλάδας.
Είναι συγγραφέας μεγάλου αριθμού επιστημονικών δημοσιεύσεων σε έγκριτα επιστημονικά περιοδικά και συνέδρια.
Είναι μέλος διαφόρων επιτροπών στα θέματα Ευφυών Συστημάτων Μεταφορών και βιώσιμης κινητικότητας τόσο στο εξωτερικό, (π.χ. ERTICO, ECTRI, TRB, IEEE κα) όσο και σε εθνικό επίπεδο, συμπεριλαμβανομένων των επιτροπών για την ανάπτυξη της εθνικής στρατηγικής καθώς και της εθνικής αρχιτεκτονικής για τα ευφυή συστήματα μεταφορών στην Ελλάδα. Επίσης, διετέλεσε εκλεγμένος Πρόεδρος του Οργανισμού Ευφυών Συστημάτων Μεταφορών Ελλάδας ITS Hellas την περίοδο 2018-2019, ενώ σήμερα κατέχει τη θέση του Αντιπροέδρου και Ταμία.