Το Ινστιτούτο Βιώσιμης Κινητικότητας και Δικτύων Μεταφορών (ΙΜΕΤ), αποτελώντας έναν διεθνώς αναγνωρισμένο και καταξιωμένο φορέα έρευνας στην Ελλάδα, προσφέρει βασική κι εφαρμοσμένη έρευνα καθώς και υψηλού επιπέδου τεχνικές υπηρεσίες στον τομέα των μεταφορών. Το ΙΜΕΤ αναλαμβάνει ερευνητικά προγράμματα και εξειδικευμένες μελέτες βασικής κι εφαρμοσμένης έρευνας, οργανώνει και διαχειρίζεται κέντρα τεκμηρίωσης στο χώρο των μεταφορών.
Η οργανωτική δομή του Ινστιτούτου απεικονίζεται στο σχετικό οργανόγραμμα. Το Ινστιτούτο διευθύνεται από το Διευθυντή, ο οποίος ηγείται όλων των τμημάτων του Ινστιτούτου και είναι μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου του ΕΚΕΤΑ. Το Επιστημονικό Συμβούλιο ΙΜΕΤ, αποτελούμενο από μέλη του Ινστιτούτου, λειτουργεί επικουρικά προς το έργο του Διευθυντή. Παράλληλα με το Επιστημονικό Συμβούλιο ΙΜΕΤ λειτουργεί και το Εξωτερικό Συμβουλευτικό Όργανο ως γνωμοδοτικό και συμβουλευτικό όργανο. Το Διευθυντή πλαισιώνουν η Μονάδα Οργάνωσης και Διοίκησης, η Μονάδα Οικονομικής Διαχείρισης Έργων και η Μονάδα Υποστήριξης Διεύθυνσης και Ποιοτικού Ελέγχου.
Η Μονάδα Οργάνωσης και Διοίκησης είναι υπεύθυνη για την διοικητική υποστήριξη όλου του Ινστιτούτου, διασφαλίζοντας την ομαλή λειτουργία του Ινστιτούτου ενώ λειτουργεί και ως εκτελεστική γραμματεία του Διευθυντή και του Επιστημονικού Συμβουλίου του Ινστιτούτου. Η Μονάδα Οικονομικής Διαχείρισης Έργων είναι αρμόδια για την ορθή και συνετή οικονομική διαχείριση των έργων του Ινστιτούτου, έχοντας την ευθύνη για την παρακολούθηση ερευνητικών προγραμμάτων, συμβολαίων με ιδιωτικούς φορείς και επιχορηγήσεων του ΙΜΕΤ.
Η Μονάδα Υποστήριξης Διεύθυνσης και Ποιοτικού Ελέγχου διασφαλίζει την ποιότητα σε όλο το εύρος διαδικασιών και έργων του Ινστιτούτου, ακολουθώντας το πρότυπο ποιότητας ISO9001. Ο υπεύθυνος Ποιοτικού Ελέγχου παρακολουθεί, συντηρεί, κατευθύνει και εξασφαλίζει ότι οι δράσεις του Ινστιτούτου πραγματοποιούνται σε συμφωνία με τα σχετικά πρότυπα και οι εργαζόμενοι είναι ενήμεροι για τις ορθές διαδικασίες που πρέπει να ακολουθούνται. Στα πλαίσια της μονάδας αυτής, λειτουργεί ομάδα που μεριμνά για την ηθική, προσβασιμότητα και ισότητα των φύλων ενώ ταυτόχρονα διασφαλίζει την προσβασιμότητα σε όλες τις εγκαταστάσεις του Ινστιτούτου και την ηλεκτρονική του ιστοσελίδα. Ο υπεύθυνος για το ρόλο αυτό συγκεντρώνει και διαχειρίζεται όλα τα δεδομένα σύμφωνα με τον κανονισμό GDPR, επικοινωνώντας τα απαραίτητα στοιχεία στην Κεντρική Διοίκηση όπως ορίζει ο κανονισμός.
Επιπλέον, το Διευθυντή πλαισιώνει ο Αναπληρωτής Διευθυντής όποτε κρίνεται απαραίτητο. Τέλος, λειτουργούν και παραρτήματα σε άλλες πόλεις της Ελλάδος, τα οποία διοικούνται τοπικά από τον Υπεύθυνο παραρτήματος.